Orgaanilised ühendid on looduslikud molekulaarsed kombinatsioonid, mis on loodud organismi kasvu ja lagunemise tagajärjel. Seda ei tohiks segi ajada mitteorgaaniliste elementidega, nagu vesi ja mineraalid, mis on looduslikud, kuid pole tegelikult organismidega seotud. Suur osa põllumajandusest on seotud orgaaniliste ühendite õige tasakaalu säilitamise või orgaaniliste ühendite kasutamisega konkreetse põllukultuuriprobleemi lahendamiseks.
Pinnase taastamine
Orgaaniliste ühendite üheks traditsiooniliseks kasutuseks on vähenenud toitainete täiendamine taimede mullas. Kasvatajad teevad seda mitmel viisil. Iga paari aasta tagant vahetatakse külvikorda erinevat tüüpi põllukultuuride vahel. Erinevad taimed kasutavad erinevat tüüpi toitaineid ja edasi-tagasi liikumisel suudab muld taimede lagunemise teel vajalikke orgaanilisi ühendeid moodustada. Samuti saavad kasvatajad käsitsi mulda lisada erinevaid orgaanilisi ühendeid, näiteks fosfaati, et aidata mullas olevat biomaterjali täiendada.
Sünteetiline kaitse
Sünteetilised orgaanilised ühendid on kemikaalid, millel on oma olemuselt korrelatsioon, kuid mida toodetakse looduslikult asemel teaduslikult. Neid ühendeid kasutatakse sageli orgaanilistes pestitsiidides, mis on loodud kahjurite eemaldamiseks, kuid ei põhjusta keskkonnale nii suurt kahju kui täielikult sünteetilised kemikaalid, mida keskkonnas veel ei leidu. Mõned kasvatajad kasutavad ka orgaaniliste ühendite täiesti naturaalseid versioone, näiteks kaoliini savi, et kaitsta oma põllukultuure seente ja putukate eest. Ehkki taimed ei vaja neid ühendeid ellujäämiseks, pakuvad nad siiski vajalikku kaitsekihti, nii et taimed saaksid tervislikult kasvada.
Seened
Seened elavad põllukultuuride mullas ja kasvavad põllukultuuride seas. Need kasulikud seened, mida tuntakse Vesikulaarse arbukulaarse mükoriisa nime all, loovad taimedega sümbiootilised suhted, mis lihtsustavad taimede toitainete ja vee imendumist. Kasvatajad lisavad seda seeni, et rikastada mulda ja edendada taimede tervislikku kasvu.